על פי התפיסה המקראית החטאים והטומאות הריטואליות של ישראל, מטמאים את המשכן ומטרתן של הזאות דם חטאת הכיפורים היא לטהר את המשכן מפניהם. בספרות התנאית, כמו גם במקורות יהודיים קדם תנאיים, חלה מהפכה בעניין זה ומעתה קורבנות החטאת נועדו לכפר על הקהל ולא על המשכן. אומנם חכמים לא התעלמו מלשון הכתוב הקושר במפורש בין ההזאות והטומאה (ויק` 16 16), וצמצמו את תפקידן של הזאות הדם כך שהן מכפרות על חטא אחד בלבד: כניסה אל הקודש בטומאה ואכילת קודשים בטומאה. בפרשה המקראית המתארת את עבודת הכהן הגדול ביום הכיפורים (ויק` 16) ישנו וידוי אחד בלבד על השעיר המשתלח ומטרתו היא להעביר את עוונות העם אל השעיר ולהרחיקם אל המדבר. וידוי זה אינו נושא אופי ליטורגי. לעומת זאת, בספרות התנאית מופיעים שלושה וידויים, שניים על הפר ואחד על השעיר המשתלח ואופיים הליטורגי ניכר בעליל. בניגוד לדעתם של מספר חוקרים שראו בוידויים תוספת ליטורגית לפולחן בלבד, טענתי היא שהודיויים על הפר ועל השעיר, על פי התנאים, הם גורמי כפרה עצמאיים ועיקר הכפרה של יום הכיפורים תלויה בהם. בעוד שהדם מכפר על עוון טומאת מקדש וקודשיו בלבד, הוידויים מכפרים על שאר העוונות. גם כוח הכפרה של השעיר המשתלח מצומצם בספרות התנאים ולמעשה דרשה מפורשת בספרא קובעת ששילוח השעיר אינו מעכב ועיקר הכפרה סביבו תלויה בוידוי שעליו. ניתוח המקורות בספרא מלמד שמהלך פרשני זה מורכב משיקולים טקסטואליים וחוץ טקסטואליים ויש בכך כדי לחזק את טענתם של מספר חוקרים שמשנה כיפורים אינה בעיקרה משנה קדומה ותיאור העבודה במשנה הוא תוצר של דיון בית מדרשי בתר חורבני