לפרק יום הכיפורים בבבלי שרדו ששה כתבי יד שלמים ושני דפוסים ראשונים. מהשוואת עדים אלה נמצאו למעלה מ-500 חילופי גרסה שאינם נובעים מטעויות סופר. חילופים אלה הם מסוגים שונים: שינויי ניסוח, לישנא רוויחא ולישנא קייטא, חילופי שמות, שינויי תוכן ועוד. הבדיקה מלמדת שהפרק נמסר בשני ענפי נוסח עיקריים. המייצג העיקרי של הענף הראשון הוא כ"י מינכן 6 וקרובים אליו שני כתבי יד תימניים. המייצגים העיקריים של הענף השני הם כ"י אוקספורד 366 ודפוס ספרדי. לפרק שרדו שני טפסים מן הגניזה המכילים כ-3.5 דפי גמרא. בין שני הטפסים יש חפיפה רבה של הטקסט המאפשרת לעמוד היטב על ההבדלים ביניהם. הבדיקה מלמדת שכ"א מטפסי הגניזה הוא מייצג מובהק של כ"א מהענפים. לטפסי הגניזה חשיבות רבה והם מאששים את הטענה שמקורם של הענפים הוא מן המזרח ומזמן קדום. כמו כן, הם מאפשרים לשחזר את ענפי הנוסח טרם שהתערבבו בכתבי היד המאוחרים.