נקודת יסוד בהבנת יחסו של הראי"ה קוק לתיאוריית האבולוציה, היא ההבחנה שעורך הראי"ה בין הגילוי המדעי של דרווין לבין הפרשנות הפילוסופית של דרווין. הראי"ה קיבל עקרונית את האבולוציה הביולוגית, אבל דחה לחלוטין את הלבוש הפילוסופי המטריאליסטי שנתן לה דרווין.
לאחר שהפריד בין התורה המדעית לבין הפרשנות הפילוסופית של דרווין, שיבץ הראי"ה את התורה המדעית בתוך מבנה פילוסופי אנטי-מטריאליסטי מסביר, שבנוי על יסודות תורת הקבלה של הרמח"ל. על פי מבנה מסביר זה, המציאות מתפתחת, הולכת ונעשית רוחנית יותר ושלמה יותר. בתוך הפילוסופיה הקבלית מקבלת תיאורית האבולוציה משמעויות חדשות, שונות מהמשמעויות שהעניקה להן הפילוסופיה המטריאליסטית.