המאמר "שימוש במושגים קבליים במשנתו של הרב קוק" מהווה מאמר יסוד בדיון המטפיזי של מניטו. במאמר, מניטו קובע כי בהיבט המטפיזי של מציאות- העיגולים וקו היושר- ישנו מתח בין מושג הבחירה המוסרית לבין חוקיות הטבע. בעוד שחוקיות הטבע-ספירות דעיגולים- מהווה מציאות בלתי פרסונאלית לחלוטין, הבחירה המוסרית של האדם- ספירות דקו יושר- מהווה מציאות פרסונאלית שבה ה"אני" מתגלה במודעות של האדם כלפי עצמו ובערכים שבוחר.
מניטו, בעקבות הראי"ה קוק, מבקש לדון ביחס ובקשר שבין הטבע לבין האדם, בעצם בין האנתולוגי לבין מוסרי (אתי) בבריאה, וקובע, דרך שימוש במושגים `רשימו` ו`צמצום` כי הפרדה בין האנתולוגי למוסרי בלתי אפשרית. דרך מושגים אלו, מניטו מגיש הצעה להבנת טבעה המוסרי של הבריאה וטבעו המוסרי של הבורא.
לצד הדיון על ההיבט המוסרי של הבריאה, מניטו מגיש דיון על הקשר בין החוכמה האוניברסאלית כפי שמשתקפת בפילוסופיה, לבין חכמת ישראל כפי שמשתקפת בקבלה, דרך אפיון של עבודת הראי"ה קוק: "הוא אינו שולל את הלגיטימיות של השאלות הפילוסופיות כשאלות...הוא חותר למהותם של הדברים במשמעותם הפילוסופית דווקא, ומגלה, בדרך השימוש המיוחדת לו במושגים הקבליים דעת תורה בנידון".
דבריו אלו של מניטו מהווים מפתח להבנת גישתו של מניטו עצמו לחכמת העמים ולמחקר האינטלקטואלי. במאמר, מניטו מבקש להבין את הפילוסופיה כתחום דעת שעוסק ב`עיגולים`, במצוי בעולם, בבריאה עצמה. הדיון הפילוסופי מציב שאלות לגיטימיות שהתמודדות איתן תאפשר הבנת מהותה של דעת תורה. הדיון האנושי לעולם יתחיל במצאי מסביבו, השאלות שהדיון האנושי יציב יחשבו פילוסופיות, מתוך עולם העיגולים. התשובות של הפילו` יידחו על ידי מניטו והוא יבקש להעמיד להן תשובה מתוך עולם הקבלה.
המתח שמניטו זיהה בין המוסרי לאנתולוגי, בין הפרסונאלי לבלתי פרסונאלי, מתקיים גם בין הפילוסופיה לבין הקבלה. מניטו הרבה לדבר על שני המתחים הללו בשיעוריו והדיון בהם מצוי בלב תורת התולדות. מניטו, בדומה למפעלו של הראי"ה קוק, לא ביקש ליצור סינתזה בין עולמות המחקר האינטלקטואלי לבין תורת ישראל, אלא לעמוד על ייחודיותה של זו האחרונה בעזרת העיון במחקר.