הריטב``א בחידושיו למסכת יבמות מביא הסבר מקורי לטבילת משומד החוזר בתשובה בשם תוספות אחרונות, מה שלא נמצא בשום קובץ נדפס של התוספות. ואמנם, הדבר אכן נמצא בכתב יד אחד של ספר מרדכי (והגהותיו) בשם תוספות שיטה. החיד``א בספרו שם הגדולים מזהה את הסוג הזה של התוספות על פי איזכורים בתשובות ר` יוסף קולון (מהרי``ק) ובהגהות רבינו פרץ לספר מצוות קטן. אך על פי כמה כתבי יד אחרים הקשורים לספר מרדכי, אפשר להציע פתרון שונה ויותר מבוסס (גם לפי תשובות המהרי``ק) שיש בו גם השלכות חשובות לספרות התוספות של המאה הי``ג