ישיבות ההסדר והישיבות הגבוהות מהוות את הפסגה של החינוך הממלכתי-דתי במדינת ישראל. החמ"ד מעודד את בוגריו להמשיך את לימודיהם בישיבות ההסדר, וכשליש ממשיכים לישיבות. עד היום, המחקר כמעט שלא עסק בשדה זה. הציבור הדתי לאומי עבר בעשורים האחרונים תמורות רבות, והתיאורים הקיימים אינם מציגים תמונה מלאה של הישיבות הלאומיות העל-תיכוניות. מטרת המחקר לתאר את מאפייני הישיבות הללו ולבחון את ההשפעה החינוכית על תלמידיהן. שאלות המחקר היו:
1) מהם המאפיינים של הישיבות הגבוהות וישיבות ההסדר, ומהם ההבדלים בין המוסדות השונים?
2) מהי מידת ההשפעה של הישיבות על תלמידיהן, מבחינה לימודית ודתית?
3) כיצד תופסים ראשי ישיבות ומחנכים את תפקידן של הישיבות?
המחקר נערך במתודה משולבת, והתבסס על סקר כמותי שבו השתתפו 807 תלמידים שנדגמו במדגם אשכולות שכלל 29 ישיבות, ועל ראיונות עם 12 ר"מים וראשי ישיבות.
מהממצאים עולים הבדלים מובהקים בין הישיבות הגבוהות לישיבות ההסדר. המחקר מציג תמונה עדכנית של מאפייני הלימוד בישיבות, תוך תשומת לב להבדלים בין ישיבות בעלות מאפיינים אידאולוגיים שונים. בין הממצאים הבולטים יש לציין את המגמה לא-אליטיסטית של הישיבות, והדגש המשמעותי על לימוד עצמי, לימודי גמרא בבקיאות, לימודי מחשבה ולימודי תנ"ך. המחקר מראה הבדלים בולטים בין הישיבות לגבי דרכי לימוד הגמרא, כאשר העיסוק בהיבטים מחשבתיים של התלמוד מצויה בעיקר בישיבות המאופיינות בפתיחות אידאולוגית ובנטייה לחסידות.
בתחום הלימודי, נמצא פער מובהק מאד בין מידת העניין והמסוגלות העצמית בלימוד גמרא בישיבה לבין יחסם של התלמידים לגמרא בתקופת התיכון. מהממצאים עולה שהשינוי העיקרי ביחס הלומד לגמרא מתרחש במהלך החדשים הראשונים בישיבה, כאשר מידת העניין כמעט לא משתנה לאורך השנים, ואילו תחושת היכולת עולה במשך שנות הלימוד בישיבה.
לגבי ההשפעה בתחום הדתי, בכל הישיבות ייחסו התלמידים חשיבות רבה לערכים דתיים, וקיימת עליה קלה לא מובהקת ביחס לערכים דתיים במשך שנות הלימוד בישיבה.
מהראיונות עלה שמוטיב מרכזי בישיבות הוא האוטונומיה האישית של הלומדים שמאפשרת התפתחות אישית לפי רצונם ויכולותיהם. רבים מהמרואיינים ציינו מוטיב זה כגורם המשמעותי בתהליך החינוכי בישיבות.
ממצאי המחקר מעלים תובנות רבות שעשויים לשמש את מעצבי החינוך הדתי, הן בישיבות העל-תיכוניות והן בחינוך התיכוני.