אגן הניקוז של נחל הקישון הוא השני בגודלו בנחלי החוף בישראל ומשתרע על שטח של כ-1,080 קמ"ר. בשטח אגן הניקוז ידועים מעיינות רבים, אך לגבי חלק ניכר מהם חסר מידע מעודכן על איכות מימיהם ואודות מצבם ההידרולוגי והאקולוגי. ישראל מצויה באזור יובשני עד יובשני למחצה, ולכן מעיינות על טיפוסיהם השונים הם נופי טבע נדירים וייחודיים. תפיסה ישירה של מי מעיינות ושאיבה ממי התהום המזינים אותם גרמה לייבוש רבים מהם ולפגיעה קשה במערכות האקולוגיות הנשענות עליהם.
סקר המעיינות באגן הניקוז של נחל הקישון בוצע עבור רשות הטבע והגנים בין אפריל ליולי 2012 במטרה ליצור מס"ד נתונים הידרולוגי, אקולוגי ואדמיניסטרטיבי שלם ואחיד. המידע שנאסף על כל מעיין, יאפשר מחד לקבל תמונה שלמה יותר של פוטנציאל המים השפירים באגן הניקוז, ומאידך ליצור תמונה מבוססת יותר של בתי גידול לחים רגישים שחשוב לשמרם (Hotspots).
סה"כ נסקרו 161 מעיינות (ללא אתרים מעבר לקו הירוק). נמצא שבאגן הניקוז 55% מהמעיינות משוחררים לטבע, 21% אחוזים לחקלאות, 4% אחוזים לשתיה ו- 20% חרבים או מנוקזים. באזור רמות מנשה והכרמל אחוז המעיינות המשוחררים לטבע הוא הגבוה ביותר ואילו בהרי נצרת הנמוך ביותר משום שחלק משמעותי מהמעיינות באזור זה חרבו או נוקזו. מנתוני הספיקה שנאספו בחודשים אפריל-יולי עולה שב- 29% מהמעיינות (n=48) באגן הניקוז הספיקה עולה על 1 ליטר/שניה, ורק ב- 9% מכלל המעיינות (n=15) הספיקה עולה על 15 ליטר/שניה.
בבדיקות איכות המים נמצא שהמעיינות המלוחים ביותר שוכנים במרכז ובמזרח עמק יזרעאל ובחלק מגוש גבעות אלונים-טבעון. כ- 19% מהמעיינות חרגו מהערך המרבי המותר לכלורידים (400 מג"ל) בתקנות מי השתייה. השוואה בין מדידות כלורידים בעבר לסקר הנוכחי, מצביעה על עלייה גדולה בריכוז במעיינות בעמק יזרעאל וקטנה יותר באזורי ההר. מבדיקה של ריכוזי הניטראט עולה כי 34% מהמעיינות חרגו מהערך המרבי המותר במי שתייה (70 מג"ל), כשהריכוזים הגבוהים ביותר נמצאו במעיינות באזור גבעות אלונים-טבעון.