פעילות תעשייתית מלווה את התפתחות ההתיישבות בישראל משנותיה הראשונות. ענפי תעשייה כגון תעשיות ביטחוניות, תעשיות המתכת, תעשיות כימיות וטקסטיל היוו במשך שנים מקור לזיהומים סביבתיים לרבות זיהום מקורות המים. מעל אקוויפר החוף קיימים כ- 160 אזורי תעשייה בהם פועלים כ- 1000 מפעלי תעשייה. זיהום ממקור תעשייתי הינו הגורם השני בהיקפו לפסילת קידוחים לאספקת מי שתייה אך הראשון בחומרתו מבחינת הסיכונים לבריאות הציבור ולסביבה.
בעשור האחרון הושקעו באגף איכות מים, ברשות המים משאבים רבים למיפוי וסיווג אזורי תעשייה עפ"י פוטנציאל הזיהום ולהקים מערך ניטור ייעודי בקרבתם, לבקרה ולקבלת התראה מוקדמת על זיהום מקורות מים לשם הגנה על מקורות המים ומי השתיה בפרט.
מערך הניטור כולל 282 קידוחי ניטור ייעודיים לאיתור זיהומי תעשייה ב- 63 אתרים, מהם 18 אזורי תעשייה גדולים, 27 מפעלים קיימים ועשרות אזורים בהם התקיימה פעילות תעשייתית בעבר. באמצעותו התגלו כתמי זיהום רחבי היקף בגוש דן, באזור חצור-בני-עיש, רמלה-רחובות, ברמה"ש ובא.ת. חולון-בת-ים. התפשטות הזיהום מהמוקדים מגיעה לכ-4 ק"מ באזור תע"ש גבעון, לדוגמא. המזהמים העקריים: מיקרומזהמים אורגנים, מתכות כבדות, דלק טילים וחומרי נפץ, אשר עבורם אין תקן למי שתיה והם התגלו רק הודות לסקרים ייעודיים אלו. ריכוזי המזהמים במוקדים גבוהים במספר סדרי גודל מריכוזי הסף המרביים למי שתייה. נפח המים המזוהמים באקויפר החוף נאמד בכ- 1500 מלמ"ק ובשטח של כ- 47 קמ"ר.
בשנים האחרונות התחלנו לשקם מקורות מים מזוהמים אם באמצעות טיפול נקודתי in-situ ו/או באמצעות טיפול אזורי למזעור מימדי הזיהום ולעצירת התפשטותו. באתר אמקור לשעבר בוצע פירוק ביולוגי של ממסים מוכלרים ובמפעל אגן כימיקלים מורחקים ממסים מוכלרים וחומרי הדברה ממי תהום הנשאבים ומטופלים באמצעות פחם פעיל. שיקום מי התהום במפעל תדירגן בחולון מתחיל בימים אלו, באמצעות החדרת חומרים מחמצנים לאקויפר. בתע"ש רמת השרון החלה בנייתו של מתקן ההדגמה לטיפול בכלל המזהמים שאותרו כשלב ראשון לקראת יישום מלא של תכנית השיקום. תכניות שיקום נוספות הוכנו עבור אתרים נוספים בגוש דן ובאזור התעשייה בחולון, אולם טרם נקבע המקור התקציבי למימושן.
