ניטור מים בעזרת Tracking Microbial Source (MST) מאפשר התחקות אחר מקור זיהום צואתי, כלומר מזהה את סוגו (genus) של המאכסן מפריש הזיהום. זאת על פי סמנים מולקולאריים של חיידקים שהמאכסן מפריש לסביבה ומגיעים למים.
פוטנציאל היישום של MST רב היקף וכולל פענוח מקורות זיהום של מים, הבחנה בין מקורות זיהום נקודתיים לבין לא נקודתיים, הערכת פעולות שיקום סביבתיות וכלי להערכת סיכונים.
במהלך 2011/2012 התבצעו מעקב MST חודשי ומעקב MSTיומי בעת אירוע גשם במעיינות געתון, גיח, צוף ושפע, מעיינות קרסטיים החשופים להשפעות סביבתיות ומועדים לזיהומים. המעקב התבצע בעזרת תשעה סמנים מולקולרים; שלושה סמנים לזיהוי זיהום ממוצא הומני, סמן לזיהום של מעלי גירה, שני סמנים לבקר וסמן יחיד לזיהום צואתי של חזירים, וכן סמן לחיידקים אינדיקטורים E.coli וסמן כללי של חיידקי Bacteroides.
מהניטור החודשי ומניטור אירוע הגשם במעיינות כברי עולה תמונת זיהום מורכבת. שלושת הסמנים המעידים על הימצאות זיהום ממוצא הומני זוהו במהלך כל חודשי השנה. סמנים המצביעים על זיהום ממקור בקר הופיעו בעיקר בחורף, בעקבות אירועי גשם. מעקב יומי במהלך אירוע הגשם איפשר הסתכלות ברזולוציה גבוהה אחר הופעה והיעלמות של המזהמים השונים. הסמן לחיידקים האינדיקטורים שמר על יציבות ואילו סמנים אחרים הופיעו ונעלמו סביב אירוע הגשם. למשל, במעיין גיח נצפתה עלייה מהירה של סמנים ממקור הומני ומעלי גרה ולאחריה ירידה מהירה שלהם.
ניתוח אירוע הגשם מצביע על שני שלבים: עליה ראשונית של סמני MST השונים לאחר תחילת הגשם ועלייה שנייה, חדה יותר, ביום החמישי לתחילת הגשם. דעיכת הסמנים אינה אחידה ומצביעה על מקורות זיהום נקודתיים ולא נקודתיים.
סמן מעלי הגירה בולט בריכוזו הנמוך או בהעדרו המוחלט (במקרה של עין גיח) ולא תמיד הוא מלווה בסמן של בקר, תופעה המצביעה על אפשרות זיהום ממקור שונה מבקר כמו עיזים וכבשים או חיות בר, למשל צבאים.
אינטגרציה של נתונים אלה עם מאפיינים גיאו-הידרולוגים, פעילות אדם ופעילות חקלאית יכולה לסייע למקד מקורות זיהום פוטנציאליים וכן לשמש כלי לניטור יעילותן של פעולות מתקנות למניעת זיהומים.
