במוביל הארצי מתקיימת לאורך השנים הדברה ביולוגית וכימית יעילה של מטרדים ביולוגיים, באמצעות דגים המאוכלסים במאגרים למטרה זו, ובאמצעות תרכובות כלור. בתעלות ובמאגרים הדגים קוטלים ביעילות חסרי חוליות מושבתיים כמו ספוגים וחיטחביים (בריאוזואה), חלזונות, צדפות, חרקים אקווטיים וצמחיית מים. במפעל הסינון המרכזי באתר אשכול, חמצון מקדים בכלורדיאוקסיד וחיטוי סופי בכלור גזי נמצאו יעילים להדברה מוחלטת של חסרי חוליות ששרדו את הטיפולים המקדימים: צדפות מהסוג קורביקולה, חלזונות מהמינים מגדלון הנחלים ובוענית חדה, וחיטחביים מהסוג Plumatella. בניסויים מבוקרים שערכנו בתחנת ניטור פעילה של המוביל הארצי, מצאנו שריכוזי הכלור הנהוגים בכניסה לצינור האספקה הראשי (0.3-0.5 מג"ל) היו יעילים לקטילה הדרגתית (תוך מספר שבועות) מוחלטת של חלזונות טיארה סקברה, מין אשר פלש בשנים האחרונות לכנרת, ואף חדר לאחרונה לקטע הראשון של תעלת המוביל הארצי המובילה את המים מהכנרת למאגר צלמון. בכדי לסלק מושבות חיטחביים וחלזונות שהתנחלו בקווי מערכות השקיה ראשיות במפעלי מים השואבים מהכנרת או במפעלי השקיה בקולחים שלישוניים, שוכללו במקורות שיטות לחיטוי ושטיפה עונתיים של קווי ההולכה.
