במשך שנים הוזנח פיתוח תשתיות האיסוף והטיפול בשפכים ביהודה ושומרון. העדר התשתיות ותחזוקה לקויה של התשתיות הקיימות גרמה לסילוק שפכים וקולחים לסביבה. זרימות אלו מהוות פוטנציאל זיהום בפני השטח ובתת הקרקע. אקוויפר ההר מהווה מקור מים עיקרי למדינת ישראל, ממנו מופקים מי שתייה בנפח של כ-400-600 מלמ"ק/שנה. כשליש משטח אגן ההיקוות של האקוויפר מהווה את אזור ההזנה, מרבית שטחו רגיש לזיהום ומוגדר כאקוויפר בו הנזק אינו ניתן לתיקון.
סקר מתקני איסוף וטיפול בשפכים בהתיישבות הישראלית ביהודה ושומרון 2012 מבוצע על ידי רשות הטבע והגנים, בשיתוף המשרד להגנת הסביבה והמנהל האזרחי. הסקר המקיף, המבוצע לראשונה, מכיל מידע איכותי וכמותי אודות מתקני האיסוף והטיפול בשפכים והשימוש בקולחים בהתיישבות הישראלית.
במסגרת הסקר בוצעה עבודת שטח ואיסוף נתונים, חושבו כמויות המים, השפכים והקולחים החל מיצרן השפכים, דרך מתקני האיסוף והטיפול בשפכים וכלה ביעדי סילוק הקולחים.
הסקר הקיף 151 יצרני שפכים (ישובים ואזורי תעשייה) מהאוכלוסייה הישראלית ביו"ש המונה כ-352,000 נפש. השפכים נאספים ומטופלים ב-304 מתקני איסוף, הולכה וטיפול.
נפח השפכים הגולמיים מוערך בכ-14.9 מלמ"ק מתוכם כ-89.6% מטופלים במתקנים שניוניים ומעלה. לשם השוואה, בישראל מטופלים במתקנים שניוניים ומעלה כ-91.5% מסך השפכים.
כ-1.45 מלמ"ק שפכים גולמיים מסולקים לסביבה, בצורה גולמית או דרך בורות רקב וספיגה מקומיים. כ-1.1 מלמ"ק שפכים מסולקים על גבי תשתית גאולוגית המוגדרת בעלת רגישות הידרולוגית גבוהה. כ-0.32 מלמ"ק שפכים מסולקים לאגן נחל רבה, כ-0.15 מלמ"ק לאגן ואדי א-נעימה (יובל של הירדן התחתון) וכ-0.11 מלמ"ק שפכים לאגן נחל קנה.
בעבודה זו נמצאו הבדלים ניכרים בין הרשויות המוניציפאליות בפיתוח ובתחזוקה של תשתיות האיסוף והטיפול בשפכים. נמצא פער גדול באיכות הטיפול בשפכים וניצול הקולחים בישובים בישראל לזה הקיים בישובים ישראלים ביו"ש. ניצול הקולחים בישובי יהודה ושומרון מצומצם ובמרבית המקרים לא קיים. קולחים באיכויות משתנות מסולקים בחזרה לנחלים וגורמים לזיהום נוסף לאקוויפר ההר, שינוי האקולוגיה בנחל ובזבוז משאבים לחקלאות.
מוקדי הזיהום העיקריים העולים מסקר זה הינם שפכי נחל קדרון, קריית ארבע וחברון, עפרה, אלקנה, קדומים וישובי בקעת הירדן.
