ימי ניקוז ביצות חדרה וכבארה כמו גם ימי ייבוש ביצות החולה חלפו, ואולם בישראל נותרה מאז הגישה אל מי הנגר העילי יותר כאל מטרד מאשר כאל נכס, אותו יש לנהל כמו כל משאב טבע אחר, במטרה להפיק ממנו תועלת מרבית ולמנוע נזקים אפשריים. במקביל ירדה קרנו של הנושא, ובמכללות התנוונה הוראת המקצועות הטכניים המתמחים בתחומי ההידרולוגיה והטכנולוגיה של זרימה בדרכי מים פתוחות, ניקוז ושימור קרקע.
להדיוטות עשוי אסון ההצפה שאירע בראשית חודש ינואר בבת חפר, כמו גם אירועי הצפה באתרים אחרים, להיראות כגזרה משמים, אולם לבעלי מקצוע המעיינים במפה הטופוגרפית ובאופן ההקמה של היישוב והתשתיות שבתוכו ומסביבו הכתובת על הקיר ברורה. היישוב הוקם בשנות ה-90, כאחד מ"הכוכבים" לאורך הקו הירוק, על הגדה הצפונית של נחל שכם שכיוון מהלכו מדרום-מזרח לצפון-מערב. היישוב בת חפר הוקם על גבי שטחי ההצפה של הנחל, כאשר שיפועי הקרקע אל עבר בסיס הניקוז הטבעי באפיק הראשי מתונים יחסית. מספר דרכי מים טבעיות חצו בעבר את העמק בכיוון מערב אל אפיק הנחל.
היישוב תחום כבצבת בין חומת הביטחון שהוקמה ממזרחו על הקו הירוק, ובין כביש 6 העובר בגבולו המערבי. הקמת המכשולים הללו יצרה מצב של סיכון מוגבר להצפה בתחומי היישוב, שכן שניהם מהווים מחסומים לזרימה הטבעית של מי הנגר העילי. המבנים ומערכות התשתית העירוניות אינם גבוהים במידה מספקת מעל לרום האפיק הראשי על מנת לאפשר סילוק עודפי הנגר ללא פגע. לכך יש להוסיף כושר הולכה מוגבל של מערכות הניקוז ומעבירי המים בתוך ומסביב ליישוב, למרות הגשר הגדול יחסית שהוקם מתחת לכביש 6, וככל הנראה גם רמת אחזקה ירודה שגרמה לסתימת המערכות.
העובדה שבערים שכם וטול כרם ובששת הכפרים המתנקזים כולם אל נחל שכם אין מערכות ביוב מסודרות, מביאה לזרימה קבועה של שפכים בנחל החוצה את הקו הירוק על גבולה הדרומי של בת חפר. בחורף אין המערכת הישראלית לטיפול בשפכים הללו, שהוקמה בגדה הדרומית של הנחל, בסמוך ליישוב, מסוגלת לקלוט את מי השיטפונות המכילים מן הסתם גם מי ביוב. המתקן לטיפול בשפכי נחל שכם מצוי אף הוא בין חומת ההפרדה לבין כביש 6 ברום קרקע גבוה מעט מזה של השכונה הדרומית של בת חפר, ובמצב של מים גבוהים באפיק הנחל ישטפו המים מהאגנים אל אותה מלכודת נמוכה שבין שני הסכרים הללו.
הגורם הממונה על ניהול מי הנגר העילי בתחומי הקו הירוק הוא רשות הניקוז במשרד החקלאות ובתחומי יו"ש האחריות היא על הממשל הצבאי והרשויות הישראליות בשטחי B,C ועל הרשויות הפלשתיניות בשטחי A. מיותר לומר ש"אין אבא" למים המגיעים לתחומי הקו הירוק משטחי יו"ש, ולעתים אלה גורמים לאירועים דרמטיים של שיטפונות.
רשות המים התנערה לפני שנים מספר מקבלת האחריות על ניהול משאבי המים העיליים בישראל ומשרד החקלאות קפץ על המציאה כמוצא שלל רב, העביר חקיקה והטיל את האחריות לנושא על האגף לניקוז ושימור קרקע שאינו עומד במעמסה הכבדה לא מבחינה תקציבית ולא מבחינה מקצועית. הסדרת ויישור דרכי המים, מדיניות שנוקטת רשות הניקוז, גורמים להאצת מהירויות הזרימה עקב הגדלת השיפוע האורכי, ומכאן גם להגדלה מסוכנת של פוטנציאל הנזקים.
רשות ניקוז אמונה בעיקר על מניעת נזקי הצפה ושיטפונות בשטחים הפתוחים, בעוד שבתחומי היישובים האחריות היא על הרשויות המוניציפליות. בנייה ופיתוח משמרי מים, המגבירים את חידור המים אל תת-הקרקע ומפחיתים את הזרימות על פני השטח, היו צריכים להיות נר לרגליהם של כל המתכננים והרשויות האמונים על התכנון והפיתוח במדינה כמו גם בשטחי יו"ש. במקום זאת אמונים על תכנון, ביצוע ואחזקת מערכות הניקוז גורמים הרואים במים הללו סיכון ולכן מביאים בסופו של דבר דווקא להגברת הכמות ועוצמת ההרס של מי הנגר.
מצב זה, בו רשות האמונה על משאב טבעי יקר ערך (רשות הניקוז) עושה הכל כדי לסלק אותו לים, מהר ומבלי שיגרום נזקים, עומד בניגוד מוחלט לכספי העתק שמשקיעה רשות אחרת (רשות המים) בפיתוח מקורות מים חדשים ובשיקום מקורות שהושחתו. ארץ הנאלצת לייצר לעצמה מים מלאכותיים בעלות גבוהה כי משאבי המים הטבעיים שלה במצב של מחסור תמידי, אינה יכולה להרשות לעצמה לוותר בקלות כזאת על פוטנציאל מי הנגר העילי. הגיעה העת שניהול משאבי המים העיליים במדינה יעבור לידים המקצועיות של רשות המים, שתשקוד על שימורם וניצולם הנכון למגוון רחב של צרכים, בין אם יצרניים ובין אם לשימור, שיקום ופיתוח משאבי טבע וסביבה מימית, כי משרד החקלאות אינו מעונין בנושא ומחזיק בתיק הניקוז בשל עמדות כוח פוליטיות ותקציבים להם זכה.
אחזקה נכונה של מערכות ניקוז חייבת להיות שגרה של החודשים שלפני כל חורף, בהם יש לנקות מערכות ולשקם מבנים פגועים, דבר עליו מרבית הרשויות אינן מקפידות והוא אחד הגורמים העיקריים לאירועי הצפה רבים שאת נזקיהם ניתן היה למנוע בקלות יחסית. כשל נוסף הוא בתכנון חסר של מערכות ניקוז, באזורי בינוי ופיתוח בכלל ובאלה המצויים באזורים נמוכים בפרט, כשהחטא החמור מכולם הוא בינוי ופיתוח באזורים המועדים להצפה בהם יש להותיר את השטח פתוח וחופשי לקליטה ולחלחול של מי הנגר ללא נזקים, כפי שנהוג בארצות מתקדמות. פתרונות בתחומי יו"ש מורכבים יותר, אולם גם שם יש לעשות הכל להנהגת שגרות תכנון וניהול נכון של מי הנגר העילי, הן מבחינת הצטברותם בדרכי המים והן מבחינת איכותם הנפגעת קשות בגין ההזנחה של מערכות הביוב והפסולת במגזר הערבי כמו גם במגזר היהודי.
לא פחות מניהול משאבי המים העיליים, גם ניהול משאבי הקרקע בישראל לוקה בחסר חמור של משאבים וכוח אדם מקצועי והשניים קשורים בקשר הדוק. נזק חמור נגרם עקב אובדן הקרקע בגין העובדה שבשטחים רבים בהם מתבצעות עבודות עפר, בין אם בחקלאות, בפיתוח, בבנייה או בכרייה וחציבה, חסרה המודעות לנזקים הכבדים הנגרמים עקב סחיפת קרקע אל דרכי המים, ומהן אל אפיקי הנחלים.
היווצרות של קרקע חקלאית היא תהליך הנמשך מאות שנים, ואילו טיפול ועיבוד לא נכון של קרקעות יכול להוריד לטמיון בשנה אחת מאות אלפי טונות של קרקע דשנה ולהשאיר שטחים נרחבים עם קרקע זיבורית דלה. עירום והזנחה של עודפי קרקע המצטברים במחצבות ובאתרי פיתוח ללא ייצוב כנדרש, גורמים לסחיפה מוגברת, כשהסחף שוקע, מצטבר ואוטם מערכות חיוניות ומבנים בהם הושקע כסף רב.
משרד החקלאות ומינהל מקרקעי ישראל, הרואים בקרקע בעיקר נכס פוליטי ונדל"ני, אינם מייחסים למשאב החומרי של שכבת הקרקע העליונה את הערך הנכון ואת החשיבות הרבה שצריך היה לייחס לשימורה ולטיובה לאורך שנים. מדובר על תועלת כלכלית וציבורית עצומה שמגולמת בערכי טבע ונוף ובקרקע המאפשרת טיפוח של שטחי חקלאות, נוי ונופש.
כל הגורמים המעורבים בניהול משאבי הקרקע - רשות התכנון במשרד הפנים, מינהל מקרקעי ישראל, משרד החקלאות והרשויות המוניציפליות, כולם חייבים לעשות יד אחת לשימור ומניעת הרס קרקע חסרת תחליף ברחבי המדינה, כי גם זהו משאב מתכלה שאינו מצוי בשפע. ניתן היה לצפות שהמשרד להגנת הסביבה היה יוצא ביוזמות חקיקה ואכיפה בלתי מתפשרת כלפי עברייני קרקע המגבירים את כל התהליכים שתוארו לעיל.
